BT फसलों में कपास सबसे लोकप्रिय है। BT कपास में BT जीन को बैसिलस थुरिंजिएंसिस नामक बैक्टीरिया से अलग कर अमेरिकी कपास में स्थानांतरित किया गया। इसके बाद अमेरिकी कपास को भारतीय कपास के साथ क्रॉस किया गया ताकि यह जीन देशी किस्मों में आ सके। BT कपास में बैसिलस थुरिंजिएंसिस से प्राप्त एक विदेशी जीन होता है। यह बैक्टीरियल जीन, जो आनुवंशिक रूप से कपास के बीजों में डाला जाता है, कपास की फसल को बॉलवर्म (A. lepidoptora) जैसे प्रमुख कीटों से बचाता है।
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