पौधे अपनी जड़ों के माध्यम से नाइट्रोजन प्राप्त करते हैं। मिट्टी में नाइट्रीफाइंग बैक्टीरिया अमोनिया को पहले नाइट्राइट (NO2–) और फिर नाइट्रेट (NO3–) में परिवर्तित करते हैं, इसे नाइट्रीफिकेशन कहा जाता है। इसके अलावा, पौधे नाइट्रोजन को कार्बनिक रूप में भी अवशोषित करते हैं। मिट्टी में कई कार्बनिक यौगिक नाइट्रोजन के कार्बनिक अंश का हिस्सा होते हैं। मिट्टी में कार्बनिक पदार्थ अपघटित होते हुए पौधों और जानवरों के अवशेष, अपेक्षाकृत स्थिर यौगिक और ह्यूमस के रूप में मौजूद रहते हैं। पौधों की जड़ें pH परिवर्तन और कार्बनिक यौगिकों या ऑक्सीजन के स्राव के माध्यम से नाइट्रोजन के विभिन्न रूपों की मात्रा को प्रभावित कर सकती हैं।
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