नक्शबंदी सिलसिला सिलसिला ख्वाजगान से निकला है, जो मूल रूप से तुर्किस्तान में विकसित हुआ था। अकबर के शासन के अंतिम वर्षों में यह सिलसिला तब मजबूत हुआ जब इसका प्रमुख नेता ख्वाजा बाकी बिल्लाह काबुल से दिल्ली आया। सभी सूफी सिलसिलों में यह सबसे अधिक रूढ़िवादी था और अकबर की उदार धार्मिक नीतियों का विरोध करता था क्योंकि वे उसे विधर्मी मानते थे। यह सूफी मत का एकमात्र सिलसिला है जो अपनी आध्यात्मिक परंपरा (सिलसिला) को पैगंबर मुहम्मद से अबू बक्र, पहले खलीफा, के माध्यम से जोड़ने का दावा करता है।
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