मेंडलीफ की आवर्त सारणी की सबसे बड़ी सीमा यह थी कि वे हाइड्रोजन को सही स्थान नहीं दे सके क्योंकि इसके गुण क्षार धातुओं और हैलोजन दोनों से मिलते हैं। इसके अलावा, यदि परमाणु क्रमांक को आधार माना जाए तो किसी तत्व के समस्थानिकों को अलग-अलग स्थान मिलेंगे, जिससे आवर्त सारणी की संरचना असंतुलित हो जाएगी।
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